LJA akademinė bendruomenė kartu su studentais technologijos ir socialinių mokslų srityse aktyviai vykdo taikomuosius mokslinius tyrimus, kurie atliekami norint gauti naujų žinių, skiriami specifiniams praktiniams tikslams pasiekti arba uždaviniams spręsti. Pagrindinė mokslinė veikla sukoncentruota į laivybos problemų sprendimą, alternatyvių energijos šaltinių panaudojimą laivyboje, pažangių technologijų panaudojimą logistikos grandinėje ir laivuose, tvarų energijos resursų valdymą, logistinės grandinės optimizavimą, psichosocialinius rizikos veiksnius ir kt. Gautų tyrimų rezultatai publikuojami nacionaliniuose ir tarptautiniuose moksliniuose žurnaluose.
LJA veikia mokslinė draugija, kuri yra savanoriškas LJA akademinės bendruomenės narių (dėstytojų, studentų ir kitų darbuotojų), dalyvaujančių taikomųjų mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros veikloje, susivienijimas.
Bendradarbiaujant su Lietuvos ir užsienio šalių mokslininkais, tyrėjais, mokslo ir studijų institucijomis, nacionalinėmis ir tarptautinėmis įvairių sričių organizacijomis, jūrų transporto sektoriuje veikiančiais verslo subjektais ir kitomis suinteresuotomis šalimis LJA personalas aktyviai vykdo projektinę veiklą.